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6月 毛泽东主席指示："即时成立中医研究机构，罗致好的中医进行研究，派好的西医学习中医，共同参加研究工作"。
9月12日 卫生部派鲁之俊、朱琏、何高民负责筹建中医研究院。
9月17日 刘少奇指示："卫生部要下决心，拿大力，办好中医研究院"；"研究中医要读书，读中医所有的书"；"研究中药的人，首先要向中药老师学，你们要在旧的基础上学习才能学成，然后再进一步改良"；"中医研究院成立后，应办一个象同仁堂那样的中药厂"。
10月7日 经卫生部批准，中央卫生研究院中国医药研究所、中央卫生部中医进修学校、中央卫生部针灸疗法实验所、华北中医实验所，由中医研究院筹备处统一领导管理。
10月26日 中央文委党组向中央提出《关于改进中医工作问题的报告》，指出：建立和办好中医研究院，对发扬祖国医学遗产，丰富医学科学，团结和提高中西医，是一项关键性的措施。研究院的主要任务，是由中西医合作，对中医中药知识和中医临床经验进行系统的整理和研究；同时，负责搜集和整理中医中药书籍(包括民间秘方单方)，并为医学院校培养讲授中医课程的师资和编纂教材。
10月 中医研究院筹备处正式成立。
11月23日 中共中央批转中央文委报告："中央同意中央文委党组1954年10月26日关于改进中医工作问题的报告""团结中西医，正确地发挥中医的力量为人民保健事业服务，是中央早已明确指示的一项重要的卫生方针"。中央批件中同意成立中医研究院。
5月20日 经卫生部批准，中医研究院筹备处成立党总支委员会，鲁之俊为书记。
6月 中医研究院首届名誉副院长、著名老中医萧龙友被选聘为中国科学院学部委员(院士)。
11月12日 卫生部副部长徐运北等慰问来京参加中医研究院工作的中医师。
12月19日 中华人民共和国卫生部中医研究院正式成立，建院典礼在北京广安门北线阁院部隆重举行。周恩来总理为中医研究院成立亲笔题词："发扬祖国医药遗产，为社会主义建设服务"。国务院任命鲁之俊为中医研究院首任院长，兼党总支书记；朱琏、田润芝为副院长；彭泽民为名誉院长，萧龙友为名誉副院长。经卫生部批准，汪丝益任外科研究所副所长，彭杰三任内科研究所副所长，苏厚润任附属医院长，邱文焕任中药研究所副所长，朱琏兼任针灸研究所所长。
12月19日 中医研究院举行全国第1届西医离职学习中医研究班开学典礼。苏厚润兼任中医研究班主任。
年内 中医研究院图书馆成立。聘任李约瑟、席文、矢数道明等10位世界知名学者为中医研究院图书馆学术顾问。
年内 卫生部先后从全国选调了蒲辅周、王文鼎、冉雪峰、杜自明、王朴诚、叶心清、郑守谦、徐季含、赵惕蒙、钱伯煊、葛云彬、金昭文、沈仲圭、耿鉴庭、韦文贵、谢仲墨、黄竹斋、杨树千、黄坚白、姚和清、时逸人、余无言、唐亮臣、朱仁康、陈苏生、岳美中、赵锡武、高凤桐、李振三、于道济、陈慎吾、王易门、赵心波、郑毓琳、朱颜、段馥亭、赵燏黄、陈邦贤、龙伯坚、周济民、刘志明、王伯岳等40余名著名中医中药专家到中医研究院工作，充实中医研究院的人才队伍。
3月19日 中医研究院附属医院正式开诊。
3月21日 中医研究院成立中医教材编辑委员会，确定了中医教材的编辑计划。
6月 受卫生部委托，中医研究院负责起草并制订《1956—1967年国家重要科学技术说明书》中的有关部分。
10月22日 中医研究院开办了全国医史师资进修班，30个高等医学院校的31名教授、讲师和助教参加。
12月30日 鲁之俊院长给卫生部党组写信，要求充实中医研究院干部力量。
年内 增补薛和仿为中医研究院副院长。
2月11日 国家主席刘少奇、国务院副总理邓小平接见了国务院文办和卫生部有关领导，对中医及中医研究院的工作作了重要指示，提出了"系统学习，全面掌握，整理提高"的方针。
4月10日 中医研究院召开了西医学习中医研究班发奖大会。
12月 中医研究院内科研究所与外科研究所合并为内外科研究所。经卫生部批准，沈谦任副所长。
年内 中医研究院设立外宾门诊，为多个国家的元首及外国患者进行中医治疗。
年内 北京地区流行乙型脑炎，中医研究院老中医蒲辅周按湿温论治，以通阳利湿法为主，取得良好疗效。
1月 中医研究院各附属单位先后组织青壮年中西医人员及部分领导干部拜老中医为师，并隆重举行了拜师仪式。共有104名徒弟分别拜31名老中医为师。
2月7日 卫生部发出《关于继承老中医学术经验的紧急通知》。中医研究院制订出继承老中医学术经验实施计划。
4月17日 撤销中医研究院党总支委员会，成立临时党委会。陶励为党委书记，任小风、陈萝轩、鲁之俊、薛和仿、高合年为临时党委会委员。
7月3日 全国第一届西医离职学习中医研究班的学员毕业，25名优秀学员获卫生部颁发的金奖、银奖和铜奖。
9月25日 卫生部党组向党中央呈递《关于西医学中医离职班情况成绩和经验给中央的报告》。
10月11日 毛泽东主席在卫生部党组《关于西医学中医离职班情况成绩和经验给中央的报告》上作了重要批示，指出："中国医药学是一个伟大的宝库，应当努力发掘，加以提高"。
10月31日 中共中医研究院委员会正式成立。经卫生部党组决定，中医研究院党委会由鲁之俊、车敏樵、李挺、高合年、余田民、彭杰三、严荣、徐瑞杰、石斋等9人组成，鲁之俊为代理书记，李挺为副书记。
年内 中医研究院图书馆接受国家科委的委托，与北京图书馆协作，编辑出版了全国性的《中医图书联合目录》，共收集59个图书馆和2家私人收藏的中医书共7 000余种，是中医药研究工作的重要工具书。
2月 中医研究院成立了院务委员会，实行党委领导下的以院长为首的院务委员会负责制。鲁之俊、李挺、朱琏、余田民、高合年、樊复哉、王文鼎、陈邦贤、彭杰三、沈谦、蒲辅周、王易门、高辉远、余桂清、王保祥、朱颜、谢宗万、刘军亮、严荣、黄竹斋、朱仁康、赵心波、黄坚白、胡斌、吕维柏、张殿华、魏如恕、高凤桐、孙振寰、王雪苔、杨树千、赵金铎为中医研究院院务委员会委员。
3月9日 中央组织部批准车敏樵任中医研究院党委书记。
3月12日 卫生部机关党委批复，同意鲁之俊、李挺、朱琏、余田民、高合年、樊复哉、王文鼎、陈邦贤、彭杰三、沈谦、蒲辅周、王易门、高辉远、余桂清、王保祥、朱颜、谢宗万、刘军亮、严荣、黄竹斋、朱仁康、赵心波、黄坚白、胡斌、吕维柏、张殿华、魏如恕、高凤桐、孙振寰、王雪苔、杨树千、赵金铎等为中医研究院院务委员会委员。
3月14日 中医研究院制订了《中医研究院院务委员会章程》。
3月22日 国务院批准，任命李挺为中医研究院副院长。
7月 中医研究院向卫生部汇报了《全国1956—1959年执行十二年科学规划中医中药部分执行情况的检查报告》。
10月 经过半年筹备，中医研究院成立的展览馆正式开放。展览馆设综合、医史、科研成果、中药、采风5个展室。对外展出63天，参观者达1 518人，其中外宾19人。
年内 中医研究院在学术秘书处成立了情报资料室，负责中医药信息的搜集、整理、交换等工作。
1月26日 中医研究院第一届党员代表大会召开。车敏樵作工作报告。大会选举车敏樵、李挺、鲁之俊、高合年、余田民、樊复哉、石斋、彭杰三、徐瑞杰、严荣、王文鼎为党委委员；崔楷、李浩荣为候补委员；车敏樵为党委书记；李挺为副书记。
2月 受卫生部委托，中医研究院起草了《1960—1972年规划纲要》中的《中医中药协作规划》部分。
3月 受卫生部委托，中医研究院起草了《中医中药研究的全国协作方案》。
3月20日 中医研究院名誉副院长，第一、二届全国人大代表，中国科学院学部委员(院士)，中华医学会副会长萧龙友因病逝世，享年90岁。
12月 著名中药专家赵燏黄的亲属根据先生生前的嘱托，将其毕生珍藏的古籍5 600余册全部无偿捐献给中医研究院图书馆。
年内 增补戴谦为中医研究院副院长。
年内 中医研究院与北京中医学院合署办公。中央组织部任命王发武为统一管理两院的党委书记，车敏樵为中医研究院党委书记。
10月27日 中医研究院叶心清、徐承秋与309医院的1名内科主任及1名护士组成医疗小组，赴昆明为越南民主共和国武元甲总理治病，23天后，转广州治疗。
11月15日 全国政协委员、中医研究院著名老中医杜自明因病去逝，享年84岁。
11月19日 周恩来总理参加老中医杜自明的追悼会，并对中医带徒工作作了重要指示，要求为每个老中医配备5名徒弟，为壮年中医配备3名徒弟。
12月3日 周恩来总理和邓颖超同志在中南海紫光阁接见中医研究院蒲辅周等医务人员。
年内 中医研究院根据采风所搜集的材料，先后整理出《中药成药手册》《全国中药炮炙经验集成》《民间草药400种》，总结了许多特殊诊断方法和单秘验方。
1月18日 经国务院批准，任命戴谦为中医研究院副院长。
5月16日 中医研究院党委向卫生部作了关于"中医研究院的方针、任务远景及当前工作调整安排方案"的报告，提出中医研究院的长远方针、根本任务、研究指导原则和临床、基础、中药、文献医史研究的基本内容和机构发展远景计划。
8月7日—10月7日 叶心清赴广州为越南总理范文同治病，18天后赴越南为胡志明主席治病。
8月 中医研究院在东城区东直门北新仓新建的行政楼、科研楼落成。
9月 萧龙友老中医的亲属根据先生生前嘱托，将其珍藏的179种、上千册宝贵医书及贵重文物无偿捐献给中医研究院图书馆。
10月 中医研究院院部、中药研究所、医史研究室等单位由广安门北线阁迁往东直门大院。中医研究院内外科研究所分开，内科研究所迁入中医研究院附属医院。
年内 中医研究院与北京中医学院分开。
年内 全国科学技术工作会议安排中医研究院起草《1963—1972年十年医学科学技术规划》中的中医中药部分。
年内 卫生部派是中医研究院附属医院老中医专家岳美中为印度尼西亚总统苏加诺诊疗疾病。
1月4—9日 赵锡武、孙振寰为锡兰总理班达拉奈克夫人治病。
3月22日 中医研究院召开第二届党员代表大会，提出了《中医研究院1963—1972年事业发展规划》，选举车敏樵为党委书记，李挺为副书记。
3月 中医研究院首任院长鲁之俊在人民大会堂参加制订中国10年科学规划，受到毛泽东主席亲切接见。
4月30日 经卫生部批准，中医研究院附属医院更名为中医研究院西苑医院。任命严荣为内科研究所所长，兼任西苑医院院长。经卫生部批准，中医研究院广安门医院成立。任命石斋、沈谦、张殿华、汪丝益任针灸研究所、外科研究所副所长，兼任广安门医院副院长。卫生部批准中医研究院新组成的院务委员会成员为：鲁之俊、车敏樵、李挺、戴谦、余田民、樊复哉、严荣、张殿华、王保祥、赵群、王文鼎、王耕勤、陈邦贤、王雪苔、彭杰三、王易门、朱颜、赵心波、赵金铎、黄坚白、胡斌、吕维柏、沈谦、汪丝益、蒲辅周、朱仁康、魏如恕、章荣烈、孙振寰、高辉远、余桂清、何秀明、谢宗万、冉雪峰、杨树千。鲁之俊任主任委员。
5月 广安门医院眼科专家参加卫生部组织的医疗组赴越南，为越南劳动党主席胡志明诊治疾病。
年内 在全国医学科学工作会议上，卫生部指定中医研究院为10年规划中医中药项目主要负责单位，并承担29项课题。
1月23日 经中央组织部批准，任命张国钧为中医研究院党委书记，免去车敏樵中医研究院党委书记职务。
1月30日 经中央组织部批准，鲁之俊等7人兼任卫生部医学科学委员会副主任委员。
2月22日 全国医学科学工作会议在北京举行。大会制定了《1963—1972年全国医学科学技术发展规划》，确定中医研究院为中医、中药、针灸、医史文献等学科牵头单位。
3月 根据全国医学科学工作会议精神，修订了《中医研究院1963—1972年事业发展规划》。
4月 为重复朝鲜金凤汉的经络实验，中医研究院成立了经络研究所，张锡钧任所长。通过一系列实验研究，取得可靠数据，否定了金凤汉的结论。
7月 中医研究院中药研究所召开剂型改进经验交流会。来自全国的中药科研、生产单位代表交流了中药剂型改进的经验。会上提出中药剂型改进研究要面向农村，要研制普、验、便、廉的药物。
10月 中医研究院派出76名干部参加由中央国家机关组织的农村"四清"工作队，到贵州遵义地区开展"四清"工作。
5月 国家科委中医中药专业组成立，办事机构设在中医研究院，负责联系全国中医中药科学研究工作。
8月9日 中医研究院召开第三届党员代表大会，选举张国钧、鲁之俊、李挺、戴谦、高合年、余田民、樊复哉、徐仁和、崔楷、石斋、李浩荣、王文鼎、徐瑞杰、张殿华、封福永等15人为党委委员；张国钧为党委书记；鲁之俊、李挺、戴谦、高合年为副书记。
9月20日 中医研究院召开院党委扩大会，决定在山西稷山建立农村疾病研究所，主要任务是贯彻毛主席指示，面向农村开展防病治病和中医药研究工作，更好地为农民服务，同时利于战备。
10月 中医研究院与天津传染病院协作，在白喉效方"养阴清肺汤"的基础上共同研制成的"养阴清肺合剂"经卫生部鉴定，评为部级成果。
12月3日 中医研究院派出由89人组成的医疗队，赴山西稷山农村疾病研究所开展工作。
年内 中医研究院痔瘘研究组，采用注射法、枯痔法、结扎法、外剥内扎法，用扩创手术和外用中药方法治疗肛裂，通过部级鉴定。
年内 中医研究院向国家科委和卫生部科委上报了《全国1963—1972年关于医学科学十年规划(祖国医学部分)研究工作执行情况》，并编制了《1965—1966年中医中药研究奋斗目标》。
1月27日 中医研究院隆重举行建院10周年庆祝大会。国家科委副主任于光远，卫生部部长钱信忠，卫生部副部长郭子化、黄树则、史书翰，中宣部及北京市有关领导应邀出席了庆祝大会。
4月18日 卫生部主持召开第1次中医科研成果鉴定会。中医研究院"针拨术治疗白内障的研究"通过鉴定，成为中国经卫生部鉴定推广的首项中医科研成果。
6月7日 卫生部下发批文，同意中医研究院在山西省稷山县成立农村疾病研究所。
6月 国务院文教办公室、卫生部、海军宣传部联合向中医研究院派驻工作组。
6月以后 中医研究院先后成立了"红旗战斗兵团"和"无产阶级联合总部"2个群众团体。受"文化大革命"的影响，中医研究院陷入了混乱，正常的科研、教育工作被迫中断；广安门医院和西苑医院的医疗工作也受到一定影响，但基本仍能开展医疗服务。
11月 全国各地赴京中医调查汇报团代表抵京，与中医研究院交流。
年内 中医研究院继续派出医疗、科研小分队，到全国各地巡回医疗，并且在山西稷山建设农村疾病研究所。
12月24日 经卫生部军管会批准，同意成立中医研究院革命委员会。
12月26日 召开中医研究院革命委员会成立大会。革命委员会由军管会代表李之昇、刘梦兰、李福山、白玉洁，领导干部高合年、张世禄，群众代表李文爱、胡世林、张义、张树华、王德田、王秀芳、李炳顺等组成，由李之昇任主任，刘梦兰、高合年任副主任。
年内 由中医研究院牵头，山东、云南、广东、上海、四川、湖北、江苏等省市的医药研究单位参加，开展全国性的防治疟疾协作研究。这个工作小组简称"5.23"小组，中医研究院主要由中药研究所承担。
1月21日 中医研究院接受国家下达的"寻找用于预防和治疗热带地区抗药性恶性疟的抗疟药物"的研究任务。
1月 屠呦呦以中医研究院科研组组长的身份加入"5.23"小组。
8月 受周恩来总理亲自指派，岳美中赴越南参加胡志明主席的治疗。此前，中医研究院孙振寰等已经参加医疗组在越南参加治疗。
11月 中医研究院派出51名干部到稷山农村疾病研究所，成立临时党支部和筹备小组。
年内 内科研究所郭士魁在全国冠心病会议上提出"活血化瘀"和"芳香温通"防治冠心病的两大法则。
年内 唐由之开始将白内障针拨术的技术带到了广西农村，从事医疗和研究活动，为当地和全国培养了许多眼科专业人员。
5月 中医研究院派医疗小分队赴海南岛。另外，还有西藏阿里地区、河北琢县、邯郸地区及江西"五七"干校等。为群众诊治疾病，并培训了农村医生。
6月 为参加北京市举办的中草药和新医疗法展览会，中医研究院制订参展方案，筛选参展项目。
8月 "中医研究院首届活学活用毛泽东思想积极分子代表大会"召开。
9月10日 "中医研究院稷山农村疾病研究所"更名为"中医研究院稷山研究所"。
9月 针灸研究所与经络研究所合并，更名为中医研究院针灸经络研究所。
10月 卫生部、化工部和商业部在中国美术馆联合主办《全国中草药新疗法展览会》。
年内 中医研究院恢复了针刺麻醉的研究。
年内 广安门医院派出抗震救灾医疗队奔赴营口地震灾区。
年内 广安门医院肿瘤防治医疗队赴河南林县地区，针灸治疗聋哑小分队赴北京房山地区为当地群众防病治病。
1—5月 周恩来总理多次接见卫生部及有关直属单位领导。中医研究院鲁之俊多次受到接见。
2月 卫生部军管会批复中医研究院与北京中医学院合并。
2月 岳美中赴朝鲜，参加崔庸健委员长的治疗。此前，中医研究院李传杰、陈绍武等已经参加医疗组在朝鲜参加治疗。
3月11日 中医研究院受卫生部军管会委托，举办了新医学习班。
7月9日 周恩来总理指示：中医研究院和北京中医学院合并；合并后的名称为"中医研究院"；实行1个领导班子，2块牌子，承担科、教、医3项任务。
7月29日 李先念副总理会见了越南东医考察团，中医研究院鲁之俊同志陪同接见。
7月 中医研究院与北京中医学院合并后招收第1批工农兵大学生，设置中医、中药2个专业。
7月 原军管会代表撤走，以廖志山为首的军管会进院。
8月 中医研究院由13人组成"攻克老年慢性支气管炎"领导小组，与6个省市协作，研制牡荆、荆条、黄荆挥发油治疗慢性气管炎。通过药理、药化、药物资源等系统研究，并对4 000余例临床试验及大量实验室工作，证明3种挥发油均具有祛痰、镇咳、平喘作用。其疗效好，而且毒副作用小，药源丰富，提取工艺简单，服用方便，成本低廉，很适合在广大农村、城镇推广使用。
10月4日 中药研究所科研人员屠呦呦与科研组，从系统整理古代医药文献入手，收集2 000多种方药，归纳编篡成《抗疟方药集》。又从中选出200多方药，以现代科学组织筛选，不断改进提取方法，终于找到青蒿抗疟的有效成分——青蒿素。
年内 中医研究院与北京中医学院合并后，将位于和平街北口的原河北师范学校校舍划拨给北京中医学院使用。
年内 在西苑医院郭士魁的建议下，北京地区冠心病研究协作组成立，由阜外医院院长吴英恺担任组长，郭士魁和陈可冀参与其中，由此开始了冠心Ⅱ号复方的研究，同时也开始研究宽胸气雾剂的抗心绞痛作用。
1月6日 中医研究院在小汤山建立了"五七"农场，后更名为"五七"干校。
1月26日 西苑医院医务人员随中国医疗小组抵达日内瓦，为美国著名作家埃德加·斯诺治病。
8—10月 青蒿素的研究进入临床阶段并取得初步成功。
9月11日 针对中医事业后继乏人的严峻状况，岳美中上书中央，提出关于开办高级中医进修班的建议，得到中央领导的支持。
9月16日 李先念副总理等中央领导同志同意中医研究院开办中医研究班。
10月24日 中央办公厅转来岳美中同志关于开办高级中医进修班的建议。
11月7日 卫生部通知：健康报社正式撤销。为加强中医研究院建设，决定将原健康报社人员、器材等全部设施由中医研究院接管。
11月13日 卫生部同意西苑医院附设护士学校，学校名称为"西苑医院护士学校"，设护理专业。
3月8日 院长鲁之俊给周恩来总理、李先念副总理写信，提出中医研究院管理体制和增派领导干部问题。
4月 卫生部研究决定，调沙洪、欧阳竞、李永春、程超明到中医研究院工作。
4月 中医研究院召开第四届党员代表大会。大会选举鲁之俊、欧阳竞、沙洪、黄升仁、杨治、李永春、郑之辅、程超明、高鹤亭等为党委委员；鲁之俊为代理书记，欧阳竞、沙洪为副书记。
4月 中药研究所分离提取出有效单一青蒿素结晶。
5月 周恩来总理批示中医研究院举办全国中西医结合治疗骨关节损伤学习班。
6月11日 经卫生部批准，成立中共中医研究院委员会。
7月 中医研究院召开全院职工大会，组织各点医疗队向全院职工汇报医疗队在农村开展巡回医疗情况。
8月18日—10月26日 应伊朗沙姆斯公主办公室请求，经国务院批准，赴伊朗医疗小组宋正廉、谭铭勋2位医生为沙姆斯公主治病。
年内 军管会撤走。
年内 中医研究院举办在职干部中医训练班，国务院所属中央各部委选调出104名青年干部参加。
年内 屠呦呦等经过大量反复的实验研究，分离提取出有效单体——青蒿素结晶，并证明青蒿素治疗各型疟疾是一个高效、速效、低毒的理想新药，在抢救脑型疟、治疗抗氯喹株疟疾等方面都优于国际公认的氯喹，达到了国际水平，引起了国内外的重视。
4月3日 经卫生部批准，工人宣传队进驻中医研究院。
5月14日 李先念副总理批示卫生部派医疗组去甘肃武山县滩歌公社董家坪大队工作，陈可冀担任队长。
8月 中央任命鲁之俊任中医研究院院长，黄升仁、杨治、李永春任副院长。
12月20日 中医研究院召开群众代表大会，讨论中医研究院与北京中医学院合并后的机构调整方案。院长鲁之俊在会上对方案作了介绍。
年内 广安门医院与中医研究院共同拍摄完成了《白内障》《泌尿道结石》2部科教片。
4月23日 中医研究院举办的第1期外国医生针灸学习班举行开班典礼。
4月29日 中医研究院原副院长，全国政协第三、四届常委，第四届人大代表，著名中医药专家蒲辅周因病逝世，享年87岁。
5月 周恩来总理批示中医研究院举办全国中西医结合治疗骨关节损伤学习班。
7月23日 在周恩来总理的主持下，广安门医院唐由之等医务人员为毛泽东主席做了白内障手术，取得满意效果，受到毛泽东主席和中央领导的赞赏。
9月9日 卫生部成立中西医结合领导小组，中医研究院院长鲁之俊任副组长。
11月 毛泽东主席等国家领导人委派广安门医院眼科专家唐由之赴朝鲜为金日成主席作眼科医疗保健。
1月 中医研究院成立课题组，承担国家汉字信息处理系统工程("748"工程)"汉语主题词表"项目部分研究工作。
3月 中医研究院中医研究班经过2年多时间的基建和筹备，举行开学典礼，岳美中任中医研究班主任。
5月21日 中医研究院举办的在职干部中医训练班举行毕业典礼。
5月25日 院党委向卫生部党组上报关于改革中医教学体制的请示，提出将东直门医院与中医系合并，成立一个党委。
7月28日 唐山地区发生强烈地震，中医研究院300余名师生与当地医务人员一起投入抗震救灾救治伤员的工作。
11月4日 国务院批准筹建中医研究院骨伤科研究所。
12月19日 中医研究院召开科技大会，总结建院以来的科研成绩，98项成果在大会上受到表扬。
年内 中药研究所承担的"治疗慢性气管炎新药——牡荆、荆条、黄荆叶挥发油的研究"获全国科学大会奖。
3月10日 经卫生部批准，任命王恩厚为中医研究院党委书记兼北京中医学院党委书记；王瑛、戴谦为中医研究院党委副书记；季钟朴为中医研究院党委常委兼北京中医学院党委常委；李永春、郑之辅为中医研究院党委常委；刘伯文、黄升仁、程超明为北京中医学院党委副书记；免去鲁之俊中医研究院党委代理书记职务。
3月23日 经国务院批准，任命季钟朴为中医研究院院长兼北京中医学院院长；李永春为中医研究院副院长；郑之辅为中医研究院政治部主任；黄升仁、杨礼慈、高鹤亭为北京中医学院副院长；程超明任北京中医学院政治部主任；免去鲁之俊中医研究院院长职务。
3月 在第五届全国人民代表大会上，中医研究院著名中医专家岳美中当选为全国人大常委会委员。
3月 国务院李先念等4位副总理批准成立中医研究院骨伤科研究所。
4月30日 卫生部任命尚天裕为骨伤科研究所所长，冯天有、沈志祥、陶亚为副所长，陈阳和、马尊卿为党总支副书记。
5月4日 经卫生部批准，高合年任中医研究院党委副书记。
5月23日 经国务院批准，李永春、李挺、赵锡武、唐由之、施奠邦任中医研究院副院长。
6月12日 经卫生部批准，季钟朴任中医研究院党委副书记。
6月23日 经国务院批准，高合年任中医研究院政治部主任。
9月 中医研究院举办的中医研究生班在北京开学。这是中国恢复研究生教育制度以来第1批入学的研究生，招收硕士研究生74名。
10月 中医研究院成立第一届学术委员会，职责是对全院科技人员晋升资格、科研课题计划和科研成果等进行评审。学术委员会委员任期3年。
年内 经卫生部批准，中医研究院和北京中医学院正式分开。中央组织部任命王恩厚为中医研究院党委书记，季钟朴为中医研究院院长。
4月 中医研究院举办《中国医学百科全书·祖国医学》编写工作会议，来自全国的中医院校、科研机构有关领导、名老中医100余人参加了会议。
5月16日 经中国科学技术协会批准，中国针灸学会成立并挂靠中医研究院。
9月 中药研究所屠呦呦研究员主持承担的"抗疟新药——青蒿素的研究"获国家发明奖二等奖，屠呦呦研究员获发明奖章。
年内 针灸经络研究所更名为"针灸研究所"。
3月27日 经卫生部批准，同意恢复中医研究院临床研究所建制。西苑医院为中医研究院第一临床医学研究所；广安门医院为中医研究院第二临床医学研究所。
4月4日 经中央组织部批准，严荣任中医研究院顾问。
4月5日 经卫生部批准，西苑医院护士学校更名为"中医研究院卫生学校"，设中医护理、技士2个专业。
7月 举行1980届研究生毕业典礼，74名硕士研究生获得学位。
8月21日 经中央书记处批准，王瑛兼任中医研究院副院长。
9月10日 经卫生部批准，成立中医研究院中心实验室，王佩任主任。
9月25日 经中共中央组织部批准，任命尤祥斋为中医研究院顾问。
10月10日 经国家出版局批准，成立中医研究院中医古籍出版社。
10月18日 举行中医研究院工会成立大会。全院132名会员代表参加了会议，中医研究院正式建立工会组织。
11月3日 经中央组织部批准，任命尚天裕、王佩为中医研究院副院长。
12月20日 中医研究院学术委员会增补20名委员和1名秘书。
12月24—26日 中医研究院召开第5次党员代表大会，130名党代表出席会议，名老中医专家、民主党派和无党派人士代表，应邀列席大会。大会开幕式由戴谦主持。会议选举产生第五届党委会委员；17人当选为委员会委员，王恩厚、季钟朴、高合年、李永春、施奠邦、唐由之、王佩当选为党委常委。
年内 世界卫生组织同中医研究院签订2个合作项目协议，在中医研究院建立传统医学中心和针灸培训中心。
3月10日 中医研究院与日本国株式会社津村顺天堂签订关于合作研究中药的协议书，这是中日两国在中医药研究方面的第1次友好合作。
4月16日 经卫生部批准，同意中医研究院第五届党代会的选举结果。党委委员由17人组成：王恩厚、季钟朴、高合年、李永春、施奠邦、唐由之、王佩、康文焕、路林、崔楷、刘静明、韩明德、王雪苔、陈阳和、胡纯之、杨珍、李素娟。党委常委由7人组成：王恩厚、季钟朴、高合年、李永春、施奠邦、唐由之、王佩。王恩厚任中医研究院党委书记；季钟朴、高合年任中医研究院党委副书记；高合年兼任纪律检查委员会书记。任介民、伍正国为纪律检查委员会专职副书记。
4月23日 经中央组织部批准，戴谦任中医研究院顾问，免去其中医研究院党委副书记职务；李挺任中医研究院顾问，免去其中医研究院副院长职务。
4月24—25日 中医研究院共青团第5次代表大会举行。出席会议代表96人，列席3人，还邀请了6名老干部和老团干部参加会议。
5月3日 经卫生部批准，图书馆、情报室合并，成立中医研究院图书情报中心。
11月3日 经国务院批准，中医研究院成为首批拥有博士、硕士学位授予资格的单位之一。
11月8日 中国中西医结合研究会成立并挂靠中医研究院。国务院副总理陈慕华、中国科协副主席裴丽生、卫生部副部长王伟、崔月犁等出席成立大会。
年内 骨伤科研究所科研大楼、中心实验室实验大楼、院部系统宿舍楼均破土动工。
3月20日 东直门大院内16层宿舍大楼主体工程竣工。
3月26日 中医研究院成立第二届学术委员会，共有委员27人，分中医与医史文献、临床、实验等3个分委员会。
5月8日 中医研究院学位评定委员会成立并召开首次会议。
5月12日 第五届人大常委会委员、中华医学会副会长、著名中医岳美中逝世。全国人民代表大会常务委员会、中国人民政治协商会议全国委员会和叶剑英、彭真、杨尚昆、习仲勋、刘澜涛等送了花圈，杨尚昆、刘澜涛、崔月犁、黄树则、梁漱溟等参加追悼会。
5月28日 中医研究院成立中国医史文献研究所，李经纬任所长。
年内 在卫生部的大力支持下，图书情报中心组建了中医药电子计算机应用研究组，着手编写《中医药学主题词表》，探讨中医药文献检索现代化建设。
1月10日 经中共中央组织部批准，胡熙明任中医研究院党委书记，免去其卫生部中医司副司长职务；施奠邦任中医研究院院长；杨珍任中医研究院党委副书记；唐由之、王雪苔任中医研究院副院长。免去王恩厚中医研究院党委书记职务；免去季钟朴中医研究院院长职务；免去李永春、高合年、王佩副院长职务。
3月21日 中医研究院召开广安门医院承包合同签字仪式。中医研究院院长施奠邦、广安门医院院长费开扬分别在合同书上签字，卫生部计划财务司司长司更生作为监督单位代表也在合同上签字。
8月19日 经卫生部与世界卫生组织商定，在中国成立7个传统医学合作中心。其中在中医研究院建立"临床研究与信息合作中心"(西苑医院、广安门医院、基础理论研究所、骨伤科研究所、医史文献研究所、图书情报研究所)、"中药合作中心"(中药研究所)、"针灸合作中心"(针灸研究所)3个合作中心。
10月 骨伤科研究所科研楼正式落成启用。卫生部正式批准骨伤科研究所建立100张病床的临床基地，国家教委批准骨伤科研究所为骨伤科专业硕士、博士点。
11月23日 卫生部批准中医研究院成立新一届学位评定委员会，由24名委员组成，主席为施奠邦，副主席为唐由之、王雪苔。
12月15日 举行赵燏黄先生诞辰100周年纪念会，施奠邦院长在纪念大会上讲话。纪念会由王雪苔副院长主持，赵燏黄先生生前友好、家属、学生和中医药界代表、新闻界及各方面来宾300余人参加了纪念会。
12月27日 卫生部党组通知，鲁之俊任中医研究院名誉院长。
2月10日 教育部批准中医研究院筹建北京针灸学院。
3月27日 中央顾问委员会委员黄火青来中医研究院视察，重点了解中国医史文献研究所、图书情报中心和有关实验室的情况。
4月21日 经卫生部党组研究决定，陈玉民任中医研究院副院长。
4月 中医古籍出版社划归图书情报中心管理。
7月24日 中医研究院中心实验楼竣工落成。
8月12日 世界针灸学会联合会筹备委员会在北京成立，该国际性学术组织由来自15个国家的30位委员组成，常设机构挂靠中医研究院。中医研究院名誉院长鲁之俊当选为筹委会执行主席，王雪苔当选为筹委会秘书长。
9月10日 著名老中医何时希先生将家传珍藏文献、文物300余件无偿捐献给中医研究院。尊重何时希先生的意愿，中医研究院将献书的奖金作为研究生论文奖金，设立"何时希奖学金"。
10月29日 中医研究生班更名为"中医研究院研究生部"。
11月21日 经中央组织部批准，胡熙明任卫生部副部长、党组成员(暂兼中医研究院党委书记)。
3月20日 卫生部党组决定，任命陈玉民为中医研究院党委副书记(免去副院长职务)，杨保华为副院长，张延硕为纪律检查委员会书记。
3月 著名医史文献学家和藏书家、军事医学科学院研究员范行准教授，将其个人收藏的《栖芬室架书目录》中所载的763种、2 100余册中医古籍捐献给中医研究院图书情报中心。
4月1日 国务院任命陈绍武为中医研究院院长；施奠邦为名誉院长，免去其中医研究院院长职务；免去鲁之俊中医研究院名誉院长职务；陈玉民为中医研究院党委副书记，免去其副院长职务；杨保华为中医研究院副院长；张延硕为中医研究院纪律检查委员会书记(副司局级)。
4月11日 中心实验室更名为"中医基础理论研究所"，包景珍任所长。
5月20日 院党委研究决定，在广安门医院成立眼科研究所，在西苑医院成立老年医学研究所。
5月 卫生部批准西苑医院、广安门医院、骨伤科研究所、中国医史文献研究所实行院所长负责制。
9月4日 经卫生部党组批准，刘益清任中医研究院副院长。
9月7日 中医研究院成立科技服务部，科技服务部由中医研究院动物室、声相室、维修室和印刷厂等4个单位合并组成。
10月8日 中医研究院更名为"中国中医研究院"。中共中央总书记胡耀邦为中国中医研究院建院30周年题写了院名。
11月16日 中国中医研究院中药研究所实验药厂举行开业仪式。
11月26日 经卫生部党组批准，高德任中国中医研究院副院长。
12月10日 《中国中医研究院通讯》更名为"《中国中医研究院院报》"。
12月16日 古代医学家张仲景塑像揭幕式在中国中医研究院举行。全国人大副委员长彭冲为塑像题字；卫生部部长崔月犁为塑像揭幕并发表讲话。来自全国中医界的知名专家、学者和朝鲜、日本等国家及中国香港地区的代表共400余人参加了揭幕仪式。
12月19日 隆重召开中国中医研究院成立30周年庆祝大会。党和国家领导人胡耀邦、李先念、彭真等分别题词或发来贺信。中共中央政治局委员习仲勋，全国人大常委会副委员长彭冲、严济慈，全国政协副主席杨静仁，中央顾问委员会常务委员黄火青，卫生部部长崔月犁，北京市副市长陈昊苏等领导应邀出席；来自全国各地中医界的代表和朝鲜、日本、澳大利亚、南斯拉夫、泰国、美国、英国、印度等国家及中国香港地区的代表共1 300余人参加了大会。次日，中央电视台、中央人民广播电台、新华社、《人民日报》《光明日报》等20多家新闻单位对此进行了报道。
12月 中国中医研究院广安门医院史兆歧主持承担的"消痔灵注射液治疗三期内痔临床与实验研究"、唐由之主持承担的"白内障针拨套出术的研究"和中国中医研究院王雪苔等参与编写的《汉语主题词表》获1985年度国家科技进步奖二等奖；广安门医院刘猷枋主持承担的"化瘀尿石汤治疗上尿路结石的研究"获国家科学技术进步奖三等奖。
2月15日 中国中医研究院成立中国医史博物馆，收藏医药文物3 000余件。
2月20日 经卫生部党组研究决定，同意由陈绍武、陈玉民、唐由之、刘益清4人组成院党委常委会。陈绍武任代理党委书记，陈玉民任常务副书记。
3月25日 经卫生部批准，任命许明为中国中医研究院副院长，增补为党委常委和北京针灸骨伤学院代理党委书记职务。
4月1日 由中国中医研究院骨伤科研究所与北新桥医院协作创建的骨伤科分部开诊。
4月26日 中国中医研究院首届研究生会成立。中国中医研究院副院长刘益清在会上讲话，150余名在院研究生参加了成立大会。
5月16日 中国中医研究院召开共青团第6次代表大会，选举产生了第六届团委，院领导陈绍武、陈玉民、许明出席了会议。
6月 中国中医研究院图书情报中心更名为"图书情报研究所"，薛清录任所长，周洁任党支部书记。
8月30日 经卫生部批准，任命陈绍武兼任北京针灸学院院长，代理党委书记。
9月1日 北京针灸学院隆重举行首届开学典礼。全国人大副委员长彭冲、王任重发来贺信，卫生部副部长陈敏章、胡熙明，北京市副市长陈昊苏到会表示祝贺。中国中医研究院代理党委书记、院长陈绍武，副书记陈玉民出席了开学典礼。
10月25日 卫生部批准成立中国中医研究院眼科医院。
12月4日 中国中医研究院广安门医院史兆岐因发明用消痔灵注射治疗晚期内痔的新疗法荣获第三十五届布鲁塞尔尤里卡世界发明博览会个人发明荣誉奖的最高奖——一级骑士勋章。
12月 中国中医研究院隶属关系由直属卫生部变更为直属国家中医管理局(1988年5月更名为"国家中医药管理局")。
1月 任命王岱、李同生为北京针灸学院副院长。
8月17日 针灸研究所门诊部迁入新门诊楼，并于19日在新门诊楼全面开诊。
10月 经国家教委批准，北京针灸学院更名为"北京针灸骨伤学院"。
11月22日 世界针灸学会联合会正式成立，总部设在中国中医研究院。卫生部副部长兼国家中医药管理局局长胡熙明当选为联合会主席，鲁之俊当选为名誉主席，王雪苔当选为秘书长。
11月23—26日 世界针灸学会联合会正式成立暨第一届世界针灸学术大会隆重举行。来自57个国家和地区的1 500余名针灸专家和70余个针灸学术组织代表出席大会。乌兰夫、习仲勋、黄华等国家领导人应邀出席了开幕式，中国中医研究院60余名针灸及有关专家学者出席了大会。
年内 在颁布的全国31项中医药重大科技成果奖中，中国中医研究院共获5项部乙级成果奖，分别是："中医护理学"；"治疗肱骨外髁翻转骨折经验总结"；"扶正冲剂合化治疗术后晚期胃癌"；"降糖甲片治疗成年人消渴"；"大菟丝子饮为主治疗慢性再生障碍性贫血"。
年内 中医药信息研究所被确定为世界卫生组织(WHO)传统医学合作中心(临床与情报)。
2月3日 中国中医研究院学位评定委员会首次通过董福慧、高思华、尤江云3名博士生学位评定。
6月25日 经中央组织部批准，任命郝文明为中国中医研究院党委书记，免去陈绍武中国中医研究院、北京针灸骨伤学院代理党委书记职务。
7月2日 中国中医研究院西苑医院举行新病房楼落成典礼。
9月22日 中国中医研究院图书馆新馆落成并举行开馆典礼。中央顾问委员会委员崔月犁为图书馆开馆剪彩。
10月11日 中国中西医结合研究会在北京召开中西医结合30周年纪念暨表彰大会。会上，对700余名中西医工作者进行了表彰，李先念、彭真、聂荣臻、徐向前、习仲勋、洪学智、陆定一、崔月犁、陈敏章、钱信忠等领导为学会题词。
12月9日 中国中医研究院召开纪念当代杰出的中医学家蒲辅周诞辰100周年大会。全国人大常委会副委员长严济慈、廖汉生，政协副主席方毅，卫生部部长陈敏章，副部长兼国家中医药管理局局长胡熙明以及首都医药卫生界的领导、专家，蒲老家乡的代表和学生、亲属300余人参加了纪念会，李鹏、邓颖超、聂荣臻、薄一波等国家领导人分别为纪念蒲辅周诞辰题词。
1月 《中药通报》更名为"《中国中药杂志》"。
4月1日 全国著名老中医施今墨先生医方墨迹捐献仪式在中国中医研究院图书馆举行，院党委书记郝文明、院长陈绍武和图书情报研究所所长薛清录及施今墨先生的亲属等参加了捐献仪式。
7月 由中药研究所江文君牵头承担的"熟大黄炮制新工艺及临床应用的开发研究"获得1989年度国家科技进步奖三等奖。
12月 中国中医研究院中药研究所屠呦呦主持承担的"抗疟新药——青蒿琥酯"研究项目获得1989年度国家发明奖三等奖。
2月 挂靠中国中医研究院的"中国中西医结合研究会"更名为"中国中西医结合学会"。
6月21日 卫生部、国家中医药管理局在中国中医研究院组织召开干部会议。卫生部副部长顾英奇宣布了关于院领导任免的决定：张凤楼、傅世垣、房书亭、唐由之、李振吉等5位为中国中医研究院党委常委；张凤楼为中国中医研究院党委书记，房书亭为副书记；傅世垣为中国中医研究院院长，唐由之、李振吉、高德为副院长。
7月16—21日 在卫生部、国家计生委、国家医药管理局、国家中医药管理局、总后卫生部等单位在北京举行的全国医药卫生科技成果展览会上，中国中医研究院推出10项成果获金杯。
8月 邓铁涛、何任、焦树德、步玉如、方药中、路志正、张琪和任继学8位名老中医上书江泽民总书记，就加强国家中医药管理局的职能提出了建议，有效阻止了撤销国家中医药管理局的动议。
9月12日 经国家中医药管理局批准，张殿璞任中国中医研究院副院长兼北京针灸骨伤学院常务副院长。
12月26日 经国家中医药管理局批准，任命房书亭为中国中医研究院党委副书记。
12月 中药研究所姜廷良主持承担的"六味地黄丸预防食管癌的实验和临床研究"获得1990年度国家科技进步奖三等奖。
年内 中国中医研究院组建3个国家级实验室，分别为肿瘤实验室、P3实验室、情报检索实验室。
1月22—23日 中国中医研究院召开1990年度学术交流暨成果评审大会。29项通过鉴定的科研成果在会上进行了学术交流，院领导傅世垣、唐由之和院专家委员会委员及各院所科技人员200余人参加了会议。
1月26日 经国家中医药管理局批准，沈志祥任中国中医研究院党委副书记，负责北京针灸骨伤学院日常党务工作。
5月10日 中国中医研究院召开第七届共青团代表大会，来自中国中医研究院各基层组织的58名共青团员代表出席了会议。
9月2日 在人民大会堂隆重举行国家"七五"科技攻关总结表彰大会。中国中医研究院参加"七五"科技攻关项目的10名专家参加了表彰大会。由中国中医研究院针灸研究所、中药研究所与兄弟单位共同完成的"针刺镇痛机理的揭示及针麻在临床的应用""123种中药材品种质量评价"2项重大成果获奖。
12月12日 中药研究所赵中振研究员主持承担的"树皮年轮的研究及其在中药方面的应用"荣获1991年度国家科学技术进步二等奖。
12月28日 中国中医研究院西苑医院陈可冀当选为中国科学院学部委员(院士)。
3月14日 经国家中医药管理局批准，成立北京针灸骨伤学院附属医院。
3月25日 中医古籍出版社从图书情报研究所分出，单独管理。
3月31日 经国家中医药管理局批准，中国中医研究院卫生学校迁至北京针灸骨伤学院内，更名为"北京针灸骨伤学院附属中医药学校"。
5月 江泽民主席为图书情报研究所编撰出版的《中医古籍孤本大全》题写书名。
5月 中国中医研究院实验动物室更名为"中国中医研究院医学实验动物中心"。
11月5日 中国中医研究院与广西壮族自治区卫生厅，就其直属的广西民族医药研究所加挂"中国中医研究院广西民族医药研究所"牌子达成协议。
12月 中药研究所屠呦呦等研究开发的"双氢青蒿素及其片剂"获得1992年度全国十大科技成就奖。
1月7日 在人民大会堂举行1992年全国十大科技成就奖颁奖仪式，中国中医研究院中药所屠呦呦等研究开发的"双氢青蒿素"及其片剂位居第六，是医药卫生系统惟一获此成就奖的项目。
1月11日 授予中药研究所屠呦呦研究员"中国中医研究院终身研究员"称号，并颁发中国中医研究院最高荣誉证书和金质奖章，奖励人民币1万元。
2月25日 中国中医研究院广西民族医药研究所正式挂牌成立。
2月 经国家中药管理局批准，国家教育委员会复核，北京针灸骨伤学院增设中医学本科专业。
5月8日 图书情报研究所更名为"中医药信息研究所"。
5月 中国中医研究院骨伤科研究所孟和研制的"带有移动式锁针器及压板的骨折复位固定器(孟氏架)"及其疗法获第九届国际发明新产品展览会2枚金奖、1枚铜奖。
8月5日 成立中国中医研究院骨伤科医院，与骨伤科研究所一个班子，两块牌子。
8月28日 举行中国中医研究院专家门诊部开诊仪式。名誉院长施奠邦，院领导张凤楼、高德和国家中医药管理局医政司、东城区卫生局有关领导出席了开诊仪式。
1月20日 中国中医科学院图书馆举行马继兴献书仪式。马继兴将中医古籍珍善本图书14部96册、微缩胶卷4盘捐赠中国中医研究院图书馆。
5月23日 经国家中医药管理局批准，傅世垣兼任北京针灸骨伤学院院长；李安邦任中国中医研究院副院长兼北京针灸骨伤学院常务副院长，免去其国家中医药管理局人事教育司副司长职务；王岱、魏怀伟任北京针灸骨伤学院副院长；免去张殿璞中国中医研究院副院长兼北京针灸骨伤学院常务副院长职务；免去李同生北京针灸骨伤学院副院长职务。
6月3日 经北京市中医管理局和国家中医药管理局批准，成立中国中医研究院长城医院。
9月5日 经国家中医药管理局批准，张瑞祥、阎孝诚、赵田雍任中国中医研究院副院长，免去李振吉中国中医研究院副院长职务；李维衡任中国中医研究院党委副书记兼纪律检查委员会书记；免去张延硕纪律检查委员会书记职务。
9月10日 经国家中医药管理局批准，中国中医研究院党委常委由傅世垣、房书亭、李维衡、张瑞祥、李安邦、阎孝诚、赵田雍7人组成。
9月30日 国家中医药管理局批准成立中国中医研究院眼科医院。
10月27日 经国家中医药管理局批准，中国中医研究院广安门医院二部更名为"中国中医研究院眼科医院"，高健生任院长。
12月30日 经国家中医药管理局批准，西苑医院、广安门医院被正式评为三级甲等中医医院和全国重点示范中医医院。
12月 中国中医研究院针灸研究所程莘农当选为中国工程院院士。
4月25日 任命钟孟良为北京针灸骨伤学院附属医院副院长。
8月31日 成立中国中医研究院博士后流动站工作领导小组。院长傅世垣任组长，副院长高德任副组长。
10月23日 北京针灸骨伤学院附属医院党委正式成立，由吴学章、钟孟良、张文安3人组成。
11月20日 国家中医药管理局重点研究室——中国中医药文献检索中心通过验收正式投入使用。
12月1日 中国中医研究院召开全院干部大会。院长傅世垣宣布了国家中医药管理局关于中国中医研究院领导班子调整的文件：唐由之任中国中医研究院名誉院长，免去其副院长职务；房书亭任中国中医研究院党委书记，免去其副书记职务；仇芙林任中国中医研究院党委副书记。
12月6—8日 中国中医研究院召开第6次党员代表大会。卫生部部长陈敏章，卫生部副部长兼国家中医药管理局局长张文康，国家中医药管理局副局长诸国本、于生龙，中央国家机关工委组织部、国家人事部国管人事司、卫生部直属机关党委、国家中医药管理局直属机关党委和纪委等有关司、办领导应邀出席了大会开幕式。大会选举产生了第六届党委会和纪委会，通过了第五届党委、纪委工作报告和《中国中医研究院"九五"计划的决议》。第六届党委会组成人员：房书亭、傅世垣、李维衡、仇芙林、张瑞祥、阎孝诚、赵田雍、李安邦、唐由之、尤德宝、姚乃礼、杨毅民、陈可冀、邓良月、孟庆云、贺万才、陈贵廷、李国栋、吴学章。
12月15日 中药研究所举行新科研楼落成典礼暨庆祝建所40周年大会。
12月19日 中国中医研究院建院40周年庆典大会在人民大会堂隆重召开，党和国家领导人江泽民、李鹏、乔石、刘华清、李铁映、彭珮云等为中国中医研究院建院40周年题词。全国人大副委员长吴阶平，全国政协副主席孙孚凌，全国人大常委会教科文卫委员会主任委员赵东宛，原卫生部领导钱信忠、崔月犁、顾英奇、胡熙明，卫生部副部长兼国家中医药管理局局长张文康，卫生部副部长孙隆椿，中纪委驻卫生部纪检组组长张凤楼，世界卫生组织驻华代表处代表季卿礼和国家计委、国家科委、人事部、财政部、国家民族事务管理委员会、国家自然科学基金委员会、国务院学位办公室、国家医药管理局、国家专利局、外国专家局、中国医学科学院、中国预防医学科学院、中国军事医学科学院、总后卫生部等上级单位和京内外兄弟单位与中国中医研究院职工代表500余人参加了庆典大会。
12月 经卫生部验收批准，国家中医药管理局重点实验室——中国中医研究院P3实验室成立。
8月 中药研究所迁入新科研大楼。
10月10日 经中国中医研究院常委会研究，同意眼科医院聘请唐由之研究员为名誉院长。
12月7日 为迎接全国卫生工作大会的召开，中国中医研究院举行百名专家义诊咨询。
12月20日 国家中医药管理局批复，同意骨伤科研究所与北京针灸骨伤学院骨伤系、附属医院合并，定名为中国中医研究院望京医院。同时，保留中国中医研究院骨伤科研究所的牌子。
12月24日 经国家中医药管理局批准，王一涛任中国中医研究院副院长、党委委员、常委。
1月17日 骨伤科研究所、北京针灸骨伤学院骨伤系、北京针灸骨伤学院附属医院三个机构合并，成立中国中医研究院望京医院。
2月17日 国家中医药管理局批复：房书亭为中国中医研究院、北京针灸骨伤学院党委书记；李维衡、仇芙林为中国中医研究院、北京针灸骨伤学院党委副书记；傅世垣为中国中医研究院、北京针灸骨伤学院院长；张瑞祥、李安邦、高德、阎孝诚、赵田雍、王一涛、魏怀伟为中国中医研究院、北京针灸骨伤学院副院长。
4月8日 中国中医研究院首次在全国范围内公开招聘二级院所院所长，招聘中国医史文献研究所正所长1名、副所长2名。
4月8日 针灸研究所与北京针灸骨伤学院针灸系合并，统一领导，名称为"中国中医研究院针灸研究所"，保留北京针灸骨伤学院针灸系的名称。针灸研究所实行所长负责制。
8月22日 韩国著名医学家裴元植先生捐赠设立"中国中医研究院裴元植奖励基金"，每年用于表彰中韩两国在中国中医研究院学习传统医学的优秀学生。
9月 中国中医研究院研究生部由西苑医院迁至北京针灸骨伤学院内。
10月 王永炎当选为中国工程院院士，还担任全国人大常委、中国中医研究院名誉院长职务。
11月1—3日 世界针联成立10周年学术大会在北京举行，中国中医研究院原院长陈绍武教授连任针联主席。
年内 成立中国中医研究院青蒿素研究中心。
8月11日 邓铁涛、任继学、张琪、路志正、焦树德、巫君玉、颜德馨、裘沛然等8老亲笔签名上书朱镕基总理，感谢中央在压缩编制的情况下还保留了国家中医药管理局，这对中医药发展提供了组织保证。
8月18—19日 中国中医研究院下属医疗机构举行大型抗洪赈灾义诊。为期2天的义诊共有750名医生参加，就诊患者7 855人次，义诊捐款额达26万元。
9月8日 中国中医研究院针灸研究所程莘农院士被聘为中央文史研究馆馆员。
11月30日 经国家中医药管理局批准，王永炎任中国中医研究院院长，北京针灸骨伤学院院长、党委委员、常委；姚乃礼任中国中医研究院常务副院长，北京针灸骨伤学院副院长、党委常委、副书记；免去傅世垣中国中医研究院院长，北京针灸骨伤学院院长、党委常委、委员职务；免去李维衡中国中医研究院党委副书记，党委常委、委员，纪委书记、委员职务；免去张瑞祥中国中医研究院副院长，北京针灸骨伤学院副院长、党委常委、委员职务；免去李安邦中国中医研究院副院长，北京针灸骨伤学院副院长、党委常委、委员职务。
12月 中国医史文献研究所马继兴主持承担的"《神农本草经》的整理研究"项目和李经纬主持编纂的《中医大辞典》获1998年度国家科技进步三等奖。
4月10日 中国中医研究院第1任院长、著名针灸和外科专家鲁之俊因病逝世，享年88岁。
9月 中国中医研究院研究生部由北京针灸骨伤学院迁至东直门大院内。
12月2日 名誉院长唐由之为印度尼西亚总统瓦希德执行医疗保健任务。
1月7日 聘任陈可冀、王永炎、王一涛、邓良月、孙树椿、朴炳奎、李连达、林兰、姜廷良、翁维良、屠呦呦等11位专家为中国中医研究院首批首席研究员，聘期5年。
5月30日 中国中医研究院召开表彰全国先进工作者马继兴大会。常务副院长兼党委副书记姚乃礼宣读了院党委关于开展向马继兴学习的决定；院长王永炎向马继兴颁发了荣誉证书及奖金。
5月 中医研究院在人民大会堂举行纪念岳美中教授诞辰100周年座谈会。全国人大副委员长吴阶平、全国政协副主席任建新，以及钱信忠、朱庆生、刘敬民、佘静、王永炎、陈可冀、程莘农、吴蔚然、关幼波、于生龙、房书亭等参加座谈会。
7月31日 根据《国务院办公厅转发教育部等部门关于调整国务院部门(单位)所属学校管理体制和布局结构实施意见的通知》，北京针灸骨伤学院与北京中医药大学合并。
8月2日 经国家中医药管理局批准，免去房书亭北京针灸骨伤学院党委书记、常委、委员职务；免去姚乃礼、仇芙林北京针灸骨伤学院党委副书记、常委、委员职务；免去王永炎北京针灸骨伤学院院长，党委常委、委员职务；免去姚乃礼、赵田雍、王一涛北京针灸骨伤学院副院长，党委常委、委员职务；免去魏怀伟中国中医研究院副院长、北京针灸骨伤学院副院长职务。
11月 邓铁涛、任继学、颜德馨、张镜人、张琪、焦树德、陆广莘、李经纬、吉良晨、路志正等10位名老中医上书李岚清副总理，就中医药教育现状、原因、结果及改善措施等问题提出建议。
11月 世界针灸学会联合会第五届会员大会在韩国汉城召开，选举邓良月为该会主席，王雪苔被聘为终身名誉主席。
12月9日 根据《中国中医研究院1999—2010年发展规划》，中国中医研究院遴选出首批29名学术带头人：姚乃礼、史大卓、胡荫奇、周绍华、魏子孝、吕爱平、高思华、董福慧、高健生、庄曾渊、周文泉、安效先、朱兵、晋志高、林洪生、李春生、李国栋、郑金生、梁峻、黄龙祥、黄璐琦、刘建勋、廖福龙、周钟鸣、杜贵友、吴志奎、韩凤岳、贾金铭、麻柔。
1月23日 经国家中医药管理局批准，王永炎任中国中医研究院名誉院长，免去其院长、党委常委、委员职务；姚乃礼任中国中医研究院院长，免去其常务副院长职务；刘保延任中国中医研究院副院长，党委常委、委员；梁菊生任中国中医研究院党委副书记、常委、委员；免去房书亭中国中医研究院党委书记、常委、委员职务；免去王一涛中国中医研究院副院长，党委常委、委员职务。
3月28日 眼科医院医疗综合楼奠基仪式举行，中共中央外事办公室主任刘华秋、国家中医药管理局副局长房书亭、中国中医研究院领导及眼科医院领导等130余人出席奠基仪式。眼科医院院长沙凤桐主持会议并在会上介绍了眼科医院的发展概况。
8月30日 中国中医研究院召开院直机关改革动员会。会上，传达了有关文件精神；院长、党委副书记姚乃礼通报了中国中医研究院改革工作进展情况，介绍了《中国中医研究院科技体制改革方案》和《院直机关改革方案》，并就改革工作提出了具体要求。院直机关全体党员、干部参加了动员会，院直机关改革正式启动。
年内 中国中医研究院西苑医院陈可冀院士主持承担的"方剂与证的药物动力学研究"项目获得2001年度国家科技进步二等奖。
1月 国家中医药管理局发布2002年度中医药十大新闻，"中国中医研究院启动科技体制改革"名列榜首。
9月25日 东直门大院新大门正式启用，卫生部副部长兼国家中医药管理局局长佘靖、国家中医药管理局副局长房书亭及有关司(室)领导和中国中医研究院老领导应邀出席了落成典礼。
9月25日 召开中国医史博物馆新馆开馆典礼暨中国医史文献研究所举行庆祝建所20周年庆典。卫生部副部长兼国家中医药管理局局长佘靖为中国医史博物馆新馆开馆剪彩并参观博物馆。
1月30日 望京医院温建民主持承担的"中西医结合治疗拇趾外翻及相关畸形的临床研究"获得2002年度国家科学技术进步二等奖。
3月20日 国家中医药管理局批准中国中医研究院13个学科为局级重点学科，分别为：西苑医院的中医内科血液病、中医内科心血管病、中药药理；广安门医院的中医内科内分泌、中医内科肿瘤、中医外科肛肠；望京医院的中医骨伤科；眼科医院的中医眼科；中药研究所的中药生药、中药药理；针灸研究所的针灸学；中医基础理论研究所的中医基础理论；中国医史文献研究所的中医医史文献。
3月26日 经国家中医药管理局批准，姚乃礼任中国中医研究院党委书记，免去其中国中医研究院院长、党委副书记职务；曹洪欣任中国中医研究院院长，党委常委、委员。
4月16日 眼科医院原病区、门诊被石景山区征用为当地"非典"防治中心。卫生部副部长朱庆生到眼科医院视察工作。
4月23日 望京医院派出第1批医疗队37人赴朝阳妇幼保健院，紧急增援抗击"非典"第一线。
4月28日 广安门医院派出第1批医疗队83人赴北京胸科医院，紧急增援抗击"非典"第一线。
4月 由中国中医研究院牵头的全国防治非典型肺炎指挥部科技攻关项目"中西医结合治疗SARS的临床研究"正式启动。
5月1日 中国中医研究院承担国家科技部"治疗SARS的中药筛选研究"课题正式启动，成立了由中药研究所牵头，近150名科技人员参加的防治SARS中药筛选组。
5月6日 西苑医院派出第1批医疗队22人赴长辛店医院，紧急增援抗击"非典"第一线。
5月8日 望京医院派出由36人组成的第2批医疗队赴朝阳妇幼保健院定点医院工作。
5月12日 广安门医院派出由75人组成的第2批抗击"非典"医疗队进驻北京胸科医院。
5月16日 经国家科技部、卫生部等有关部委验收批准，中国中医研究院P3实验室改建为BSL－3实验室。
9月11日 经国家中医药管理局批准，曹洪欣任中国中医研究院党委副书记；仇芙林任中国中医研究院纪委书记；梁菊生任中国中医研究院副院长，免去其党委副书记职务；免去赵田雍副院长、党委常委职务。
9月17日 经国家中医药管理局批准，麻颖任中国中医研究院党委副书记、党委常委；高思华任中国中医研究院副院长、党委常委。任职试用期1年。
10月23日 经国家人事部和全国博士后管理委员会批准，中国中医研究院设立中医学、中药学2个博士后科研流动站。
年内 国家中医药管理局公布了对名称、功能、定位规范后的局级三级实验室名单，中国中医研究院有14个研究室入选：中药研究所的中药制剂实验室、生药分子鉴定实验室、中药化学实验室、中药药理实验室；西苑医院的中药药理实验室、心血管分子生物学实验室、中药化学实验室、血液细胞实验室；广安门医院的分子生物学实验室、糖尿病血管功能检测实验室、肿瘤细胞生物学实验室；中医骨伤科研究所的中药药理(骨伤)实验室、生物力学实验室；针灸研究所的针灸生理实验室。
1月5日 中国中医研究院首席研究员李连达当选为中国工程院院士。
2月20日 2003年度国家科学技术奖励大会在人民大会堂隆重举行。西苑医院陈可冀、李连达主持的"血瘀证与活血化瘀研究"项目获2003年度国家科学技术进步一等奖，这是2003年度惟一一个医药卫生项目的一等奖，也是自国家科技进步奖1984年设奖以来，中医药领域首次获一等奖。中药研究所黄璐琦主持的《栝楼属植物的系统演化及其药材的分子鉴定研究》获国家科技进步奖二等奖。
3月3日 经国家中医药管理局批准，中国中医研究院成立艾滋病中医药防治中心。
7月29—30日 中国共产党中国中医研究院第7次代表大会隆重召开。133名正式代表和10名列席代表参加了大会。第七届党委会组成人员：王书臣、王永炎、仇芙林、朱兵、朱冬生、刘保延、杨荷蓉、杨毅民、陈珞珈、周兴、姜在旸、姚乃礼、高思华、黄璐琦、曹洪欣、麻颖、梁峻、梁菊生、程爱华、焦久、潘桂娟。
8月2日 召开中国共产党中国中医研究院第七届党委会一次会议。选举产生常委7人：姚乃礼、曹洪欣、刘保延、仇芙林、梁菊生、麻颖、高思华；选举姚乃礼为党委书记，曹洪欣、仇芙林、麻颖为党委副书记。
10月12日 中医基础理论研究所艾滋病研究室并入艾滋病中医药防治中心。
5月16日 经国家中医药管理局批准，李怀荣任中国中医研究院党委委员、常委、书记，兼任中国中医研究院副院长；免去姚乃礼中国中医研究院党委书记、常委、委员职务。张奇任中国中医研究院党委委员、常委、副院长，免去其国家中医药管理局医政司副司长职务。
8月23日 经院常委会议研究决定，成立中国中医研究院信息管理中心。该中心为院直属的独立业务机构。
9月 在科技体制改革中，中医临床基础医学研究所和医学实验中心正式成立。
10月10日 经院常委会议研究决定，成立中国中医研究院研究生院，下设6个职能处室，其中教育管理处与院教育管理处合并。
10月30日 俄罗斯副总理茹科夫和夫人访问中国中医研究院。双方就中医药防治疾病的优势进行了交流。会见后，茹科夫副总理一行参观中国医史博物馆。
11月4日 俄罗斯总理弗拉德科夫先生携夫人访问中国中医研究院。
11月14日 经北京市中医管理局组织专家实地评审检查，正式批准望京医院为三级甲等中医医院。
11月15日 经中央机构编制委员会批准，中国中医研究院更名为"中国中医科学院"。
11月19日 中国中医研究院成立50周年暨更名为"中国中医科学院"庆典大会在人民大会堂隆重举行。中共中央政治局常委、国务院副总理吴仪，全国人大常委会副委员长许嘉璐，全国政治协商会议副主席周铁农，卫生部部长高强，卫生部副部长兼国家中医药管理局局长佘靖以及来自12个国家的外交使节和24个国家的来宾，各省市、自治区、直辖市中医药管理、医学研究、教育、医疗等单位的代表1 000余人出席了庆典。吴仪副总理在庆典大会上作重要讲话，并代表国务院对中国中医研究院成立50周年暨更名为"中国中医科学院"表示祝贺；许嘉璐副委员长发表致辞并赋诗；佘靖副部长宣读了中央机构编制委员会办公室文件；曹洪欣院长做大会主题演讲并致辞。
11月 中国中医研究院望京医院更名为"中国中医科学院望京医院"，中国中医研究院广安门医院更名为"中国中医科学院广安门医院"，中国中医研究院西苑医院更名为"中国中医科学院西苑医院"，中国中医研究院眼科医院更名为"中国中医科学院眼科医院"，中国中医研究院针灸研究所门诊部变更为"中国中医科学院针灸医院"。
年内 中国中医科学院曹洪欣主持的"益气升陷法在病毒性心肌炎中的应用与研究"获得国家科技进步二等奖；刘保延主持的"中西医结合治疗SARS临床研究"获得国家科技进步二等奖。
3月22日 中国中医科学院宣布成立中医临床基础医学研究所和医学实验中心，王永炎院士、李连达院士分别兼任中医临床基础医学研究所所长和医学实验中心主任。曹洪欣院长向2位院士颁发了聘任书，并签订了任期目标责任书。
4月27日 中国中医科学院召开第一届职工暨工会会员代表大会。国家中医药管理局副局长李大宁、机关党委副书记兼工会主席杨锐，中国中医科学院党委书记李怀荣、院长曹洪欣等院领导及院职工、工会会员代表300余人出席了大会。
5月21日 中药新药研发中心SPF级动物实验室正式投入使用。
5月 眼科医院被批准为三级中医医院。
年内 中国中医科学院曹洪欣主持的"中医瘟疫研究及方法体系构建"获国家科技进步二等奖。
1月8日 望京医院举行了隆重的门诊楼开工典礼。卫生部副部长兼国家中医药管理局局长佘静题写"望京医院门诊楼奠基"的牌匾。
3月8日 来自69个国家的100余名驻华女外交官及使节夫人参观了中国中医科学院。
4月27日 中国中医科学院院长曹洪欣被俄罗斯授予"为国际合作的发展做出贡献"奖。
6月5日 文化部公布了第1批国家级非物质文化遗产项目代表性传承人名单。中国中医科学院申报的"中医生命与疾病认知方法"项目，传承人是路志正、王绵之、颜德馨、曹洪欣、吴咸中、陈可冀；"中医诊法"项目，传承人是邓铁涛、周仲瑛；"中药炮制技术"项目，传承人是王孝涛、金世元；"中医传统制剂方法"项目，传承人是颜正华、张伯礼；"针灸"项目，传承人是王雪苔、贺普仁；"中医正骨疗法"项目，传承人是郭维淮、孙树椿、施杞。
6月9日 由中华人民共和国文化部、国家中医药管理局主办，中国中医科学院承办的国家非物质文化遗产保护专题展——中国传统医药保护，在中国中医科学院开幕。
9月5日 经国家中医药管理局批准，任命刘伯尧为中国中医科学院副院长、党委委员、常委，试用期1年。
9月10日 中国中医科学院启动第1批著名中医药专家学术经验传承博士后研究工作。
1月15日 广安门医院心血管科、风湿病科、皮肤科，西苑医院肺病科、结直肠癌病、脾胃病科，望京医院颈椎病、肾病科，眼科医院青光眼，被国家中医药管理局批准为"十一五"重点专科(专病)项目建设单位。
5月12日 四川省汶川县发生特大地震灾害。截止7月5日，望京医院、西苑医院和广安门医院共派出8支医疗队赴四川成都执行医疗救援工作，共救治地震伤员2 667人，完成各种手术51台。全院捐款263万元，药品和医疗器械合计110万元。
7月14—17日 广安门医院通过英国保柏国际认证现场评估，通过ISO9001质量管理体系认证。
10月15日 中国中医科学院实验药厂暨中试基地扩建工程开工仪式在京举行。
10月20日 经国家中医药管理局批准，黄璐琦任中国中医科学院副院长、党委委员、常委；范吉平任中国中医科学院副院长、党委委员、常委，免去其中国中医药出版社副社长职务。
11月 中国中医科学院14个实验室通过国家中医药管理局中医药三级实验室的认证评估。14个实验室分别为：基础理论研究所的中医方药分析实验室、病理实验室、分子生物学实验室、中药生物安全实验室，中药研究所的中药资源生态实验室、中药安全评价实验室、中药药代动力学实验室，针灸研究所的医学成像和生物物理实验室、经穴形态实验室，广安门医院的心血管病证结合关键技术实验室、艾滋病临床免疫实验室，西苑医院的中药药代动力学实验室，信息所的中医药信息数字化实验室，眼科医院的眼功能实验室。
12月3日 中国中医科学院黄璐琦研究员主持的"珍稀濒危常用中药资源五种保护模式的研究"获得国家科技进步二等奖。
年内 中国中医科学院图书馆被国务院批准为第1批"全国古籍重点保护单位"。
年内 中国中医科学院申报的国家重大科技专项重大新药创制项目"综合性中药新药研究开发技术大平台"课题被批准立项，经费1.2亿元。
1月6日 中国中医科学院著名老专家程莘农、唐由之、路志正、刘志明荣获"首都国医名师"光荣称号。
1月16日 中国中医科学院继2000年首批聘任11名首席研究员后，再次聘任15名首席研究员。新聘任的首席研究员是曹洪欣、刘保延、黄璐琦、王阶、刘建勋、林洪生、朱兵、吕爱平、朱立国、史大卓、肖永庆、唐旭东、黄龙祥、王智民、仝小林，聘期5年。
5月 国家中医药管理局公布了第1批重点研究室建设计划项目名单。中国中医科学院10个重点研究室经国家中医药管理局批准立项：中国中医科学院中医临床评价方法研究室，针灸研究所针灸理论与方法学研究室，中医基础理论研究所中医理论体系结构与内涵研究室，中医药信息研究所中医药信息应用方法学研究室，中药研究所中药过程控制技术研究室、道地药材生态遗传研究室，西苑医院冠心病活血化瘀研究室、中药药效评价方法学研究室，广安门医院肿瘤扶正培本研究室，望京医院筋伤治疗手法研究室。
6月3日 首都科技条件基地签约暨授牌仪式在北京举行。范吉平副院长代表中国中医科学院与北京市科委签署联合共建"首都科技条件平台研发实验服务基地"的协议。
8月1—7日 中国中医科学院在延安举办了为期1周的局处级干部培训。中国中医科学院领导及50名局处级干部参加了第1期培训。
9月14日 中国医史博物馆完成扩建工程举行隆重的开馆典礼。卫生部副部长兼国家中医药管理局局长王国强，文化部副部长周和平以及中国中医科学院院领导和各二级单位负责人等300余人出席了开馆庆典。
10月27日 中国中医科学院望京医院新门诊楼开诊。
年内 中国中医科学院刘保延主持的"中医临床科研信息一体化技术体系"荣获国家科学技术二等奖。中国中医科学院望京医院朱立国主持的"旋提手法治疗神经根型颈椎病的临床和基础研究及应用"荣获国家科学技术二等奖。
年内 首届国医大师评选揭晓，中国中医科学院有4位专家当选，分别是(按姓氏比划排序)：陆广莘、唐由之、程莘农、路志正。
2月8日 国务委员兼国务院秘书长马凯代表国务院看望中国工程院院士、中国中医科学院名誉院长王永炎。
4月17日 望京医院派出了由7名医护人员参与的专家组赴青海玉树地震灾区执行救治任务。
8月2日 举行中国中医科学院中医药科学研究基地科研综合楼奠基仪式。卫生部副部长兼国家中医药管理局局长王国强等局领导，中国中医科学院领导班子成员以及老领导、老专家代表和各二级院所200余人出席了奠基仪式。
10月17日 中国中医科学院肿瘤研究所成立。
11月16日 由中国中医科学院针灸研究所承担组织的中医针灸申报世界非物质文化遗产，成功列入《人类非物质文化遗产代表作名录》。
12月30日 经国家中医药管理局批准，免去李怀荣中国中医科学院党委书记、党委常委、党委委员和副院长职务，免去曹洪欣中国中医科学院院长、党委副书记、党委常委、党委委员职务。王志勇任中国中医科学院党委书记、副院长；张伯礼为中国中医科学院院长，聘期4年；刘保延任中国中医科学院常务副院长；仇芙林任中国中医科学院党委常务副书记。
12月 中国中医科学院举行张仲景、孙思邈石雕落成揭幕仪式。
年内 中国中医科学院图书馆被文化部确定为首批"国家级古籍修复中心"。《本草纲目》和《黄帝内经》入选《中国档案文献遗产名录》和《世界记忆亚太地区名录》。
1月8日 举行西苑医院门诊医技楼工程开工仪式。
3月29日 中国中医科学院广安门医院(南区)揭牌仪式在大兴中医医院举行。
7月8日 经国家中医药管理局批准，麻颖任国家中医药管理局政策法规与监督司副司长(副局级)，免去其中国中医科学院党委副书记、常委、委员职务。
7月14日 经国家中医药管理局批准，杨友群任中国中医科学院副院长、党委委员、常委，试用期1年，免去其国家中医药管理局机关服务中心副主任职务；刘伯尧任国家中医药管理局机关服务中心副主任(副局级)，免去其中国中医科学院副院长、党委委员、常委职务。
9月23日 2011年度国际生物医学大奖"拉斯克奖"揭晓，中国中医科学院终身研究员兼首席研究员屠呦呦获得临床医学奖，以表彰其在青蒿素研究中的贡献。这是中国科学家首次获得"拉斯克奖"。
9月 全国人大常委会副委员长、全国妇联主席陈至立、卫生部部长陈竺、卫生部党组书记张茅，向荣获2011年"拉斯克临床医学奖"的屠呦呦致贺信。
11月14日 卫生部部长陈竺，卫生部副部长兼国家中医药管理局局长王国强，亲切接见"拉斯克临床医学研究奖"获得者、中国中医科学院终身研究员兼首席研究员屠呦呦，院领导王志勇、张伯礼、刘保延、仇芙林等会见时在座。
11月15日 中国中医科学院召开2011科技工作大会。大会总结"十一五"科技工作，部署"十二五"发展任务。会上授予2011年度"拉斯克临床医学研究奖"获得者屠呦呦研究员中国中医科学院杰出贡献奖，并对屠呦呦青蒿素研究团队进行表彰。
12月6日 由世界卫生组织主办、中国中医科学院承办的第六届世界卫生组织传统医学合作中心主任会议在北京召开。张伯礼院长出席开幕式并致辞。
年内 中国中医科学院黄璐琦主持的"道地药材的道地性形成机理研究及应用"获得国家科技进步二等奖。中国中医科学院广安门医院仝小林主持的"代谢综合征的中医认识及整体治疗"获得国家科技进步二等奖。
年内 中国中医科学院开始筹建病毒研究所、中医药标准研究中心、国家中医药数据中心3个研究机构。
1月9日 由《中国中医药报》社推选的"2011年度中医药新闻人物"揭晓，屠呦呦和张伯礼当选。
6月15日 中共中央政治局常委、国务院总理温家宝在北京中南海向新聘任的8位中央文史研究馆馆员和国务院参事颁发聘书，并同馆员、参事座谈。中国工程院院士、中国中医科学院名誉院长王永炎被聘为中央文史研究馆馆员。
9月 眼科医院通过国家中医药管理局考核，成为三甲医院。
11月24日 国际欧亚科学院第16次中国院士大会在北京举行，国际欧亚科学院中国科学中心名誉主席宋健、路甬祥、李铁映和成思危发来贺信，100余位院士到会。中国中医科学院常务副院长刘保延当选国际欧亚科学院院士。
12月4日 共青团中国中医科学院第9次代表大会隆重召开。
12月18日 中国中医科学院在京正式成立中药资源中心。卫生部副部长、国家中医药管理局局长王国强认为，这标志着中国中医科学院在中药资源研究方面翻开了新的一页。
1月21日 以"传承学术、培养人才、创新发展、服务社会"为主题的中国中医科学院传承工作会议在京隆重召开。
4月1日 中国中医科学院眼科医院举办"三级甲等中医专科医院"挂牌仪式。
4月20日 中国四川省雅安市芦山县发生7.0级地震，造成重大人员伤亡。中国中医科学院发挥"一方有难，八方支援"的精神，在派出专家参与救灾的同时，全院积极捐款捐物，向灾区人民奉献爱心。截至22日，共向地震灾区捐款1 450 372元，其中有5 893位干部职工捐款782 372万元。
4月21日 国家中医药管理局赴四川雅安地震灾区医疗专家组一行9人赶赴四川雅安地震灾区救治工作一线，望京医院朱立国任组长。
5月30日 中共中央政治局委员、国务院副总理汪洋参观第二届中国(北京)国际服务贸易交易会时，来到中医药服务贸易展区，参观了中国中医科学院展位，国家卫计委副主任、国家中医药管理局局长王国强陪同。中国工程院院士、中国中医科学院院长张伯礼，常务副院长刘保延等向汪洋副总理介绍了中国中医科学院的发展及多功能睡眠治疗仪。
6月24日 中国中医科学院江苏分院在江苏省中医药研究院正式挂牌成立，这是中国中医科学院在全国范围内设立的第1家分院。国家卫计委副主任、国家中医药管理局局长王国强，江苏省副省长毛伟明共同为分院揭牌。国家中医药管理局党组成员、中国中医科学院党委书记王志勇，中国中医科学院院长张伯礼院士，江苏省卫生厅厅长王咏红等出席成立大会。
7月6—9日 由国家中医药管理局主办，中国中医科学院承办的第1期中医医院职业化管理高级研修班开班，来自全国的78名三甲中医医院院长参加了研修。
8月10日 中国中医科学院心血管病研究所成立大会暨2013中国中西医结合心血管病论坛在京召开。
9月19日 国务院决定，任命王志勇为国家中医药管理局副局长。
1月4日 中国中医科学院中国医史文献研究所马继兴研究员学术著作《针灸学通史》获得第三届中国出版政府图书奖，是56种获奖图书中惟一的中医药类著作。
1月10日 中国中医科学院广安门医院王阶领衔的"冠心病病证结合证治体系的建立及应用"项目获2013年度国家科技进步二等奖；中药研究所作为主要合作单位的研究项目"中药安全性关键技术研究与应用"获2013年国家科技进步一等奖。
1月21日 国家中医药管理局新闻办和《中国中医药报》社共同揭晓2013年中医药十大新闻，中国中医科学院承担的中医药传承博士后工作被评为2013年中医药十大新闻之一。
2月3日 首个ISO中医药国际标准《一次性使用无菌针灸针》正式发布。ISO/TC249国内技术对口单位挂靠在中国中医科学院中医临床基础医学研究所。
3月10日 中国中医科学院举行中澳中医药国际联合研究中心揭牌仪式，常务副院长刘保延等为中心揭牌。
4月29日 中央国家机关工会联合会在人民大会堂举行中央国家机关五一劳动奖状奖章颁奖仪式。中国中医科学院共有2个先进集体和3名先进个人受到表彰
8月5日 由望京医院医疗专家组成的国家中医药管理局应急救治医疗队奔赴云南昭通市鲁甸县地震灾区，进行抗震救灾活动。常务副书记王炼、副院长范吉平及望京医院领导班子去机场送行。
9月22日 中国中医科学院西苑医院心血管中心活血化瘀防治心血管病研究团队被授予"全国专业技术人才先进集体"荣誉称号；陈可冀院士被授予"全国杰出专业技术人才"荣誉称号，在人民大会堂接受中央领导的接见和表彰。
9月25日 中国中医科学院名誉院长王永炎院士获得"中国标准化终生成就奖"，这是中医药界首位获此殊荣的专家。
10月30日 第二届国医大师表彰大会在人民大会堂举行。中国中医科学院刘志明、陈可冀院士及其他省市28名老专家获得"国医大师"荣誉称号。会前，中共中央政治局委员、国务院副总理刘延东看望国医大师并召开座谈会发表重要讲话。
11月14日 中国中医科学院余瀛鳌受聘上海市中医文献馆名誉馆员，上海市中医文献馆馆长季伟苹等到中国中医科学院为余瀛鳌颁发了证书。
12月5日 中国中医科学院广东分院成立暨创建国家中医药研究平台学术交流大会在广州举行，广东省中医药科学院成为中国中医科学院的第2家分院。国家卫计委副主任、国家中医药管理局局长王国强等出席了成立仪式并讲话。中国中医科学院党委书记王志勇宣读了"国家中医药管理局关于批复成立中国中医科学院广东分院的通知"，张伯礼院长对大力支持中医发展和分院建设的各位领导表示感谢。
12月29日 中国中医科学院中医药数据中心正式成立。该中心是以国家中医药临床、科研、文献以及相关数据汇集管理和利用为重点，打造成为集"数据汇交、存储管理、挖掘利用、支撑培训"等功能于一体的研究机构。
12月29日 中医基础理论研究所与北京市第一中西医结合医院、北京市丰台中西医结合医院签署"基础－临床院所协同创新行动"合作协议，并为北京市第一中西医结合医院"中国中医科学院中医基础理论研究所第一附属医院"、北京市丰台中西医结合医院"中国中医科学院中医基础理论研究所转化医学中心"揭牌。
年内 中医药信息研究所历时3年研制的"中医药学语言系统语义网络框架""中医药文献元数据"2项国际标准，由国际标准化组织(ISO)发布。这2项标准是迄今为止国际标准化组织首次发布的中医药信息标准，对中医药术语信息系统和文献信息系统的建设起到重要的支撑作用。
年内 北京市卫生局、北京市中医管理局主办的第二届"首都国医名师"评选揭晓。中国中医科学院田从豁、朴炳奎、许建中、余瀛鳌、周霭祥、林兰、翁维良、薛伯寿8位专家成为第二届首都国医名师。
年内 广安门医院副院长花宝金领衔的基于扶正培本治则的中医肿瘤研究团队入选2013年国家创新人才推进计划——重点领域创新团队，这是继中国中医科学院"中药资源创新团队"在2012年入选之后，中医药领域第2支重点领域创新团队。
1月9日 中国中医科学院院长张伯礼院士主持完成的"中成药二次开发核心技术体系创研及其产业化"荣获国家科技进步一等奖。中国中医科学院作为主要完成单位的"我国首次对2009年甲型H1N1流感大流行有效防控及集成创新性研究"荣获国家科技进步一等奖。
4月25日 在国际欧亚科学院中国院士第18次全体代表大会上，国际欧亚科学院中国科学中心正式为中国中医科学院王阶、黄璐琦、陈士林等颁发了院士证书。
4月28日 中国中医科学院望京医院院长朱立国荣获"全国先进工作者"称号，在庆祝"五一"国际劳动节暨表彰全国劳动模范和先进工作者大会上受到了国家领导人的表彰。
5月 国际标准化组织(ISO)发布《ISO/TS 18790－1：2015中医药信息标准体系框架与分类》国际标准，该标准由中国中医科学院中医药信息研究所李海燕研究员作为项目负责人牵头完成，是ISO/TC215(健康信息技术委员会)与ISO/TC249(中医药技术委员会)的首个联工作项目。
6月4日 哈佛大学医学院官方网站公布2015年度华伦·阿尔波特基金会的授奖信息。中国中医科学院中药研究所屠呦呦研究员因其在抗疟领域的突出贡献而获此殊荣。
8月22日 经国家中医药管理局批准，王炼任中国中医科学院党委书记；张伯礼为中国中医科学院院长，聘期3年；黄璐琦任中国中医科学院常务副院长，试用期1年。
10月5日 屠呦呦获2015年诺贝尔生理学或医学奖。诺贝尔委员会认为：屠呦呦发现的青蒿素是治疗疟疾的新疗法，她对人类所做出的贡献是不可磨灭、不可估量的。屠呦呦成为在中国本土开展科学研究并获得诺贝尔科学奖的第1中国科学家。这是中国科学界迄今为止获得的世界级最高大奖，也是中国医学界、中医药成果迄今为止获得的最高奖项。
10月5日 中共中央政治局常委、国务院总理李克强致信国家中医药管理局，对中国中医科学院著名药学家屠呦呦获得2015年诺贝尔生理学或医学奖表示祝贺。
10月 全国人大常委会、全国妇联、中国科学技术协会、国家卫生和计划生育委员会、国家中医药管理局、中国中医科学院的领导慰问屠呦呦研究员，对其获奖表示祝贺。
