1913年，哈尔滨董事会接收"中东铁路俄国妓女疗养院"后，成立了"哈尔滨市董事会医院"，并出资扩建。1926年3月，哈尔滨自治临时委员会将"市董事会第一医院"改名为"公立医院"。1926年11月，哈尔滨特别市市政局将"公立医院"改称为"哈尔滨特别市第一医院"，进一步投资建设。1931年，日本侵略东北后，控制了"市立医院"，也进行了一些建设。1946年，哈尔滨解放后，中国共产党接管了哈尔滨特别市立医院。此后，医院持续发展至今。1946—1949年，哈尔滨市第一医院出动人力、物力、财力支援解放军，成立战勤医疗队，收治伤员。从20世纪30年代开始，哈尔滨市第一医院就参与救治霍乱、鼠疫、猩红热、斑疹伤寒等多种传染病，并赴四川汶川、新疆阿勒泰地区进行医疗援助。从1928年开始，哈尔滨市第一医院就接替滨江医院成为哈尔滨医学专门学校的教学医院，后又成为哈尔滨医科大学的教学医院，为医学生的培养做出了贡献。
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1898年，哈尔滨成为中东铁路枢纽和管理中心后，俄国和欧洲一些国家的西医来此为本国铁路员工提供医疗服务。1900年，哈尔滨铁路中央医院最早建成，医务人员全部为俄国人，只为俄国人提供医疗服务。当时中国平民求医诊病，基本是依靠中医。直至1910年，哈尔滨市公议会才通过开设市立诊所的提案。
1913年9月9日，哈尔滨市董事会接收"中东铁路俄国妓女疗养院"，成立了"哈尔滨市董事会医院"(图1)，设病床65张，为哈尔滨市内中国患者提供医疗服务，当时医院首任院长为白俄人米格吉梢夫，其全部医务工作由俄国人担任(成田几治.哈尔滨医史第二篇(日文).哈尔滨：哈尔滨市档案馆，案卷号：22-26.)。同年，哈尔滨市公署投资扩建医院，该院位于南岗邮政街与山街(今一曼街)之间，铁岭街两侧，周围用木栅栏围之，全院面积33 886 m2，铁岭街把医院分为东西两院，东院为一栋2层建筑(不含地下室)，里面为院长室、职员室、特别病室、外科病室、手术室、绷带交换室等，右侧有厨房，东南隅为停尸处和解剖室，院外空地为花圃，种植榆、杨树。西院为平房建筑，里面有病室及库房、洗漱室、工人宿舍等。该院为市董事会出款，其宗旨是为救济患病的中国市民，院长由哈尔滨市董事会任命，管理一切院务，医院采取对宽裕患者收费，贫困患者视情况酌量，全免或半免。1918年，医院增设妇科；1924年，增设产科；1925年，增设皮肤花柳科(成田几治.哈尔滨医史第二篇(日文).哈尔滨：哈尔滨市档案馆，案卷号：22-26.)
1926年3月，东省特别区①行政长官下令，解散被俄国残余势力控制的哈尔滨市自治公议会和董事会，标志着中国人有了自己管理哈尔滨医药卫生的机会(哈尔滨特别公署卫生科.哈尔滨特别市卫生要览第一辑(日文).1934(11)：2.)，哈尔滨自治临时委员会将"市董事会医院"改名为"公立医院"，留美博士孔宪武任院长。11月，哈尔滨特别市市政局将"公立医院"改称为"哈尔滨特别市第一医院"，并增设X光室和化验所，制造疯犬注射液，病床增至160张，并在东院2层楼房右边续建病室21间。
1927年，孔宪武辞职，王亚良接任卫生科科长，兼管哈尔滨特别市第一医院，在此期间政府对该院的资金投入如下：1927年为127 315元；1928年为125 340元；1929年为147 843元。
1929年9月，哈尔滨特别市第一医院的医务长兼外科医长张柏岩任院长。上任后，张柏岩以市内人口增加、患者量增大为由，获取特别区长官支持，在西院建设面积与样式与东院相同的病室。
1930年，医院增设眼科、耳鼻咽喉科、小儿科主任各1人，医员5人，事务员1人，俄文翻译1人，护士及夫役22人。该年，医院的年度预算增加到180 000元。除增加临床各科的工作人员外，各科主任更换为中国医师(产科除外)，内科马英泰、外科郑宝琛、皮肤花柳科刘德新、药局关枨等，中国医师及医护人员的数量占全院医护人员的1/3(哈尔滨特别公署卫生科.哈尔滨特别市卫生要览第一辑(日文).1934(11)：2.)。
1931年，日本侵略东北，市政局经费削减，医院压缩开支，将床位减少到130张，小儿科合并到内科，并裁减主任、医务人员、事务员等22人。
1934年3月，医院更名为"哈尔滨特别市立病院"，哈尔滨特别市公署卫生科科长植村秀一兼任"市立病院"院长及其附设的"看护妇养成所"所长，(哈尔滨特别市公署，哈尔滨特别市政概要(日文).1936：17-22.)(图2)。此后，该院原有的中国医生纷纷辞职，医护人员由日本人担任。当时医护人员107名，设内、外、儿、眼、耳鼻喉、皮肤花柳、产妇、传染病及物疗10科。
1936年，日本人扩建医院，住院病床增至300张，各科科主任陆续邀聘日本人担任，如内科前原义雄，妇产科田村玉吉，小儿科国武保夫等(哈尔滨特别市公署，哈尔滨特别市政概要(日文).1936：17-22.)。
1946年4月28日，哈尔滨解放，中国共产党接管了哈尔滨特别市立医院。1949年8月，经东北人民政府卫生部部长王斌建议，并经哈尔滨市长饶斌同意，决定哈尔滨特别市立病院与东北军区哈尔滨卫戍医院院址对调。搬迁协议规定，2院院址互换，除放射X光机械设备不动外，其他设备与医护人员全部搬迁[1]。迁至道里地段街的哈尔滨特别市立病院改名为"哈尔滨市第一医院"，兼做哈尔滨医科大学实习基地。
搬迁后，医院稳定迅速发展。2010年7月，1期基建工程门诊综合大楼如期竣工并投入使用。2013年8月，2期病房楼交付使用，哈尔滨市第一医院建筑面积增至10多万m2。拥有省内首台日本东芝320排640层CT、飞利浦1.5T双梯度核磁共振核磁、数字平板血管造影系统(DSA)、西门子数字化钼靶乳腺机。建于1976年的高压氧舱，是黑龙江省内建舱最早、规模最大的高压氧舱，累计安全治疗病人25万余人次。2010年新安装的三舱七门式大型舱群，是目前黑龙江省最大、急诊急救能力最强的高压氧舱(江丽波．岁月流金百年辉煌——哈尔滨市第一医院建院100年纪念画册．哈尔滨：哈尔滨市第一医院，2013：7.)。
